Organizaciones de la sociedad civil y personas interesadas en la defensa y protección del medio ambiente enviaron una carta a la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat), solicitando que la Autorización de Impacto Ambiental (MIA), al proyecto de Tren Maya sea rechazada.
Debido a que la Fase 1 Palenque-Izamal, presenta una serie de irregularidades, según las cuales la autoridad debe negar dicha autorización.
La región por la que pretende atravesar el Tren Maya es una de las de mayor biodiversidad de México, integrada por los estados de Quintana Roo, Yucatán, Campeche y Chiapas, dentro la cual se encuentra la mayor dotación de selva tropical del país con una gran diversidad biológica, climática, de suelos y cultural. También cuenta con grandes extensiones costeras, de bosques y selvas. Entre quienes firman está el Centro Mexicano de Derecho Ambiental, investigadores del INAH y de la UNAM.